use strict;
use warnings;

my $in1="アラビのDatabase(TAIR10)";#ほかのリファレンスの場合指定する列の変更が必要
my $IN1;
my $in2="関連付けるfastaファイル";#>〜で始まるID列と配列データのfastaファイル
my $IN2;
my $in3="Blast検索結果ファイル";#outfmt 6によるローカルBLASTの結果ファイル
my $IN3;
my $out="OUTfile.txt";#出力されるファイル名
my $OUT;
my $L="";
my @lis=();
my @lis2=();
my @lis3=();
my @lis4=();
my $tag="";
my $tag2="";
my $Symbol="";
my $gi="";
my %hash=();
my %hash2=();
my %hash3=();
my %hash4=();
my $num=0;
my $seq="";
my $anno="";
my $sym="";

open $IN1,"<",$in1 or die "Error $in1\n";
open $IN2,"<",$in2 or die "Error2 $in2\n";
open $IN3,"<",$in3 or die "Error3 $in3\n";
open $OUT,">",$out;

while ($L=<$IN1>){
	chomp $L;
	#TAIR10のAGIを$1として保存
	if($L=~ /^>(.{11})\s\|.+$/){
		$tag=$1;
		@lis=split /\|/,$L;
		#シンボルを$1として保存
		if($lis[1]=~ /^\sSymbols.\s(.+)$/){
			$Symbol=$1;
			#AGIをタグとしたannotation, symbolをそれぞれhash, hash2へ入れ込む
			$hash{$tag}="$lis[2]";
			$hash2{$tag}="$Symbol";
		}
	}
	else{
	next;	
	}
}
close $IN1;

while ($L=<$IN2>){
	chomp $L;
	#contig_IDを$1, giを$2として指定
	if($L=~ /^>(TCONS_\d+)\sgene=(.+)$/){
		$tag2=$1;
		$gi=$2;
		#contig_IDをタグとしてhash3へgiを入れ込む
		$hash3{$tag2}=$gi;
		$num=1;
	}
	elsif($num==1){
		#ID列の次の行に存在する配列行を$seqへ入れ込む
		$seq=$L;
		#contig_IDをタグとしてhash4へ配列情報を入れ込む
		$hash4{$tag2}=$seq;
		$num=0;
	}
}
close $IN2;

while ($L=<$IN3>){
	chomp $L;
	@lis4=split /\t/,$L;
	#IN1でhash, hash2に入れ込んでおいた情報をBLAST結果内のAGIを利用して呼び出し
	if(exists $hash{$lis4[1]} && exists $hash2{$lis4[1]}){
		$sym="$hash2{$lis4[1]}";
		$anno="$hash{$lis4[1]}";
		#IN2でhash3, hash4に入れ込んでおいた情報をBLAST結果内のcontig_IDを利用して呼び出し
		if(exists $hash3{$lis4[0]} && exists $hash4{$lis4[0]}){
			$gi="$hash3{$lis4[0]}";
			$seq="$hash4{$lis4[0]}";
			print $OUT ">$L\t$lis4[1]\t$sym\t$anno\t$gi\n$seq\n";
		}
	}
}
close $IN3;
close $OUT;
exit;